PPt4Web Хостинг презентаций

Главная / Биология / Системная биология - модели
X Код для использования на сайте:

Скопируйте этот код и вставьте его на свой сайт

X

Чтобы скачать данную презентацию, порекомендуйте, пожалуйста, её своим друзьям в любой соц. сети.

После чего скачивание начнётся автоматически!

Кнопки:

Презентация на тему: Системная биология - модели


Скачать эту презентацию

Презентация на тему: Системная биология - модели


Скачать эту презентацию



№ слайда 1 Системная биология - модели М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс
Описание слайда:

Системная биология - модели М.Гельфанд «Сравнительная геномика» БиБи 4 курс

№ слайда 2 системная биология - модели потоковые линейное программирование эксперименты Вит
Описание слайда:

системная биология - модели потоковые линейное программирование эксперименты Виткуп Палссон – необычные источники Палссон – мутанты кинетические – метаболизм регуляторные

№ слайда 3 Потоковые модели – стационарное состояние Задаем список реакций (стехиометрическ
Описание слайда:

Потоковые модели – стационарное состояние Задаем список реакций (стехиометрические соотношения) Задаем балансы метаболитов (синтезируется столько же, сколько расходуется) Задаем другие ограничения (состав среды) Максимизируем производство биомассы (её состав задан) или чего-то еще (АТФ) Это сводится к задаче линейного программирования: выпуклый многогранник задан линейными ограниченими типа равенств (балансы) и неравенств (положительные потоки), надо максимизировать линейный функционал

№ слайда 4 Уравнения баланса
Описание слайда:

Уравнения баланса

№ слайда 5 Пространство решений
Описание слайда:

Пространство решений

№ слайда 6 Что получается (кишечная палочка) заведомо таким образом можно предсказать принц
Описание слайда:

Что получается (кишечная палочка) заведомо таким образом можно предсказать принципиальные ограничения на выход продукта – полезно для биотехнологии Удовлетворительно предсказываются потоки в стационарном состоянии если лимитирует углерод если лимитирует азот – хуже потоки при необычном источнике углерода предсказываются хуже но хорошо после того, как на этом источнике жило много поколений – приспособление за счет регуляции?

№ слайда 7 мутанты фенотип предсказывается хорошо – но не надо было огород городить, достат
Описание слайда:

мутанты фенотип предсказывается хорошо – но не надо было огород городить, достаточно рассмотреть топологию карты метаболических путей (если в результате мутации сильно удлинились пути до необходимых метаболитов, скажем, входящих в биомассу, то такой мутант не живет) к тому же тут внутреннее противоречие – данные о реакциях принципиально неполны, пропущенная (отсутствующая в списке) реакция полностью эквивалентна мутации и впрямь, находили новые реакции (в кишечной палочке) потоки предсказываются плохо, но: надо смотреть не глобальный экстремум, а точку в многограннике, ближайшую к старому экстремуму – тогда все правильно приличные предсказания, если прошло много поколений – приспособления за счет регуляции?

№ слайда 8 кинетические модели система дифференциальных уравнений, описывающих реакции их (
Описание слайда:

кинетические модели система дифференциальных уравнений, описывающих реакции их (изолированного) пути

№ слайда 9 пример (абстрактный)
Описание слайда:

пример (абстрактный)

№ слайда 10 система уравнений
Описание слайда:

система уравнений

№ слайда 11 разные виды кинетических уравнений
Описание слайда:

разные виды кинетических уравнений

№ слайда 12 пример (реальный) – синтез лизина в Corynebacterium glutamicum
Описание слайда:

пример (реальный) – синтез лизина в Corynebacterium glutamicum

№ слайда 13 кинетические уравнения фосфоенолпируват карбоксикиназа пируват карбоксилаза L-ас
Описание слайда:

кинетические уравнения фосфоенолпируват карбоксикиназа пируват карбоксилаза L-аспартат амино- трансфераза

№ слайда 14 проблемы сложно как вычислительно, так и (главное) содержательно основные пробле
Описание слайда:

проблемы сложно как вычислительно, так и (главное) содержательно основные проблемы помимо вычислительной сложности неустойчивые системы диф. ур. много параметров, часто не известных оценка параметров прямая (редко) косвенная – подгон решений под известный ответ (например, по зависимости концентраций веществ) – минимизация отклонения правила гигиены: оставить часть экспериментальных данных (не использовать при подгонке), потом проверить, насколько хорошо они воспроизводятся

№ слайда 15 результаты при аккуратной работе удается предсказать эффект мутаций, оптимизиров
Описание слайда:

результаты при аккуратной работе удается предсказать эффект мутаций, оптимизировать систему, предсказать эффект замены ферментов (изменения констант, снятия ингибирования и т.п.)

№ слайда 16 кинетический анализ регуляции то же самое, только меряют концентрации факторов т
Описание слайда:

кинетический анализ регуляции то же самое, только меряют концентрации факторов транскрипции, образующих регуляторную сеть нет хороших результатов

№ слайда 17
Описание слайда:

Скачать эту презентацию


Презентации по предмету
Презентации из категории
Лучшее на fresher.ru