Иван Иванович родился в купеческой семье. Отец художника, И. В. Шишкин, был не только предпринимателем, но и инженером, археологом и краеведом, автором "Истории города Елабуги". Закончив Московское училище живописи, ваяния и зодчества в 1856 году, будущий мастер учился в петербургской Академии художеств (1856-60). Как пенсионер Академии жил в 1862-65 в Германии и Швейцарии, посещал мастерскую швейцарского пейзажиста Р. Коллера. Но несравнимо большее воздействие на него оказали эпически величественные пейзажи другого швейцарца, А. Калама. Жил преимущественно в Петербурге. Особое значение для Шишкина имели натурные впечатления, полученные в родных местах (куда он нередко наезжал), а также на о. Валаам и в окрестностях Петербурга и Москвы.